El terremoto del 12 de julio de 1785 causó numerosos daños en edificaciones y casas en la antigua Santafé, particularmente en el llamado Palacio Virreinal, ubicado en el costado sur oriental del actual Capitolio, frente al colegio de San Bartolomé. En este recinto se guardaba la documentación oficial que daba cuenta de la historia de la ciudad y todos los actos administrativos del virreinato. Se cree, por ejemplo, que en los archivos se encontraba el acta de fundación de la ciudad. Se estaba pensando en reparar el Palacio cuando, a pocos meses, ocurrió una nueva catástrofe: el incendio del Palacio.
El alcalde por entonces, José Groot, relató así la conflagración: “Al año siguiente del terremoto, la ciudad de Santafé sufrió otra calamidad, y atendiendo a sus consecuencias, se puede decir que el Reino entero. Fue la quema del Palacio Virreinal, donde perecieron infinidad de documentos importantes para la historia, sobre todo de la primera época de la conquista del Reino de Bogotá y establecimiento de su gobierno en la Capital. Hallábase el Virrey en Cartagena, como ya se ha dicho, y el Palacio estaba cerrado y sin gente que lo habitara; motivo por el cual no hubo quien advirtiese el incendio sino cuando a media noche las llamas, saliendo sobre los tejados, iluminaban toda la plaza.
Don Primo Groot, que habitaba una de las casas de frente al Palacio, notó que entraba luz por las rendijas de la puerta del balcón, y teniendo que madrugar para irse a su hacienda, se levantó creyendo que ya era de día; pero como el incendio devoraba el Palacio en silencio, corrió el primero de todos, a avisar al campanero de la Catedral, que vivía en la torre, para que tocase a fuego, como se hizo inmediatamente. Al toque de las campanas ocurrió la gente de todas partes, y las autoridades dictaron todas las providencias del momento para cortar el fuego y que no se comunicara a los edificios de toda la manzana, cuales eran la Audiencia, la Contaduría General, las Cajas Reales y la Cárcel de Corte.
El coronel Esquiaqui, que ocurrió sin demora con la tropa, dirigió las operaciones en términos que, evitando la confusión, unos atendieron al fuego y otros a sacar papeles y muebles, que arrojaban por los balcones y ventanas a la plaza. Más no valió esto para salvar todos los papeles del archivo, el cual estaba en dos piezas de las que unas ya habían invadido las llamas y consumido gran parte de los papeles más interesantes por su antigüedad. Entre los muchos documentos que se perdieron, uno de ellos fue el que contenía las noticias sobre las minas de La Plata y la ruina de ellas con la población del lugar, con la repentina irrupción de los indios paeces, quienes las taparon en términos de no poderse descubrir después.
No se pudo averiguar quién o cómo prendió fuego en el Palacio, aunque no dejó de atribuirse este daño a cierto reo de estado que habían mandado de Antioquia por complicidad en ciertos movimientos revolucionarios intentados en aquella Provincia. Lo cierto es que el expediente de la causa que se le seguía en el gobierno fue uno de los que desaparecieron. A más de los papeles se perdieron otras cuantas cosas, ya robadas en aquel desorden, ya consumidas por el fuego; cada vez que se echaba de menos alguna cosa, ya se sabía cuál era la respuesta: se quemaron, de modo que quedó por refrán para cual algo se perdía: la quema del palacio.”.
El fuego, dice José María Caballero en su célebre diario (Particularidades de Santafé), duró doce días.
De acuerdo con el historiador Eduardo Posada, “algunas piezas del interior sobrevivieron al incendio, y en una de ellas guardaba en 1810 el Oficial real Don Pedro Groot las lanzas y medias lunas que se habían preparado para resistir a la insurrección de los Comuneros en 1791. Al estallar la revolución de aquel año, Groot dio al pueblo aviso de ello, y en un momento fueron extraídas y puestas en manos de la caballería”. Según el referido historiador, en tiempos de la Gran Colombia existían “dos mezquinas construcciones sobre los escombros del viejo Palacio: ¡el cuartel de milicias y una chichería! El primero en la esquina y la otra hacia el lado occidental. Se conservaban aún las piezas altas del edificio antiguo y en ellas se depositaban las armas del batallón”.
Durante la primera administración del General Mosquera (1845 a 1849) se demolieron por completo las ruinas junto con los demás edificios que quedaban en el mismo costado (Cárcel Grande y Real Audiencia) y se empezó la edificación del Capitolio.